自西元兩千三百六十七年後，出現了一段時間名為空白的歷史，將近一百年後，地球上建立了七大天空城邦，又被稱為光城邦，分別是：亞法龍、香格里拉、歐茲、崑崙、泰坦、烏托邦、永無島，而脣齒相依，地面上與之連結的影子城邦便是：蟻墟、牛皁、蝸角、鼠窩、蟲穴、灰洞、蕞爾。
　　來自不同城邦的知識分子所組成的紫錐花會成立了一個新城邦－－泰瑞比西亞，其首席女戰士琉璃在戰場上遇見之前意外身亡的愛人費森，她獨自脫離城邦前往星海之城亞法龍調查真相，並帶走泰瑞比西亞毀滅性武器－－鬩王。
　　為了瞭解琉璃叛逃的真相，琉璃的舊友隆、茹比與凱斯決定親自前往追捕琉璃。而在與琉璃相遇之際，他們發現她已懷有身孕，並知道她離開的最大目的：費森死前留下資料記載著南極影之城隱藏了整個空白歷史的祕密，以及七大天空城邦如何被創立的真相。
　　琉璃選擇前去南極一探究竟，她說服隆、凱斯、茹比一同前往。途中，他們遇見複製人阿道斯，並得到許多資訊與幫助，他們闖入七大城邦中最神祕的「烏托邦」，並來到被烏托邦榨取、壓迫的影子城邦：「灰洞」。為了幫助灰洞森林的居民抵擋強行開採稀土的烏托邦軍隊，茹比和凱斯留下，只剩下琉璃與隆前往南極，在那裡等著他們的是阿道斯複製人的本體──Ｘ，而空白歷史與七大天空城邦創立的真相究竟為何……