十年前，由於潘朵拉病毒肆虐，政府下令封鎖東京。十年後，高中生．神緋彩在搭校車上學途中，遭到不明人士襲擊，自昏迷中醒來，卻發現自己和同為潘朵拉病毒帶原者的朋友身處於舊東京都。緋彩等人受到舊東京都內的其他帶原者攻擊，在將死之際，身體突然產生變化，發揮出驚人的力量。之後，緋彩的朋友從那些帶原者口中，聽到了有關「代碼」的事情…