十七年前，魔女琪琪出生在一片濃密的森林和綠草如茵的山丘環抱的小鎮上。在她十三歲那年，離家來到位於海邊的克里克城，開了一間「魔女宅急便」，展開魔女修業之旅，並在第二年回家請求媽媽可琪莉夫人教她製作噴嚏藥的新魔法，帶給城裡的居民更多服務。不久，一名謎樣少女蔻蔻闖進了琪琪的生活，琪琪對自己愈來愈沒自信，覺得被逼入了絕境，卻因此更了解自己的心情、對克里克城最真切的情感，以及喜歡蜻蜓的心意。 如今，進入魔女修練第四年，琪琪進入了花樣少女的年齡，與蜻蜓的感情也愈發堅定，但青春期的少男少女們，誰沒有煩惱誰沒有夢？除了戀愛的甜蜜與不安外，還有點點滴滴的情緒考驗著琪琪。不只琪琪長大了、索娜太太的小孩長大了，好友蜜蜜也散發出成熟嫵媚的女人味……生活中的一切都在改變，琪琪的心情也開始有了新的變化……