《明清臺灣檔案彙編》系列共八冊，收錄自明嘉靖26年（1547）至清康熙22年（1683）清帝國領有臺灣以前，有關臺灣本島及鄰近海域的公文史料。

《明清臺灣檔案彙編》資料來源以已刊文獻為主，蒐集範圍及於各種明清檔案彙編、方志、碑刻以及文集等，其他如書信、議論以及具社會規範作用之公文，原則上不在收錄之列。

檔案文件之編排按時間順序，由前而後依序排比。每件都盡量註記確切年月日，以便徵引查核。若年月日無法確認者，則以有限的線索將文件編排於同朝、同年、同月之末。

《明清臺灣檔案彙編》第四冊內容依年代收錄，為清順治十四年。