經建會於民國102年5月30日召開行政院離島建設指導委員會工作小組第67次會議，要求研議將金門地區納入台灣自來水公司營運範圍；水利署於民國95年雖已進行相關先期研究，惟因時空環境調整，確有再深入研究探討之需要；此外，為保障離島地區民生用水穩定且享有本島相等待遇之水費，規定配合政策供應離島地區用水，依一般水費費率計收，近年離島自來水廠營運虧損逐年增加，需就其問題探討，並研提相關修正辦法。
就離島自來水事業委託經營之課題，本研究彙整法規面、供水環境、財務面、員工意願、水價政策各面向進行研析，並和水利署95年研究報告比較，以法規面而言，委託經營需台水公司股東和臺北市議會同意下方可施行，現實面有其困難；供水環境則是受到水質不佳和仰賴海淡水造成產水成本提高，且適逢旱季缺水時，仍由本島船運水應急，與經營事業體無關；財務面不論委託經營和合併皆會增加交付單位的虧損；金門和連江水廠認為台水公司和北水處制度較佳，對經營效率改善有益；水價調漲可增加台水公司或北水處委託之誘因，爰此，維持現況經營，藉由技術交流，提升供水品質，導入台水公司或北水處制度，增進兩水廠經營之效率，為可行之經營方式。
再者，就離島地補助修正方案課題，依據離島虧損預測，以彌平民國111年離島補貼不足額為目標，研提離島補貼修正方案A、B、C，其中方案A為調漲本島平均水價、方案B設定補助用水度數上限、方案C則採雙軌並行，調漲本島平均水價30%和設定補助用水度數上限100度；由法律、民眾權益、配套措施、自來水事業經營，及委託經營面向分析，方案A不需修改離島建設條例和相關施行細則即可執行、民眾權益則是方案B和C可達成使大用水戶（每月用水超過100度者）負擔更多、配套措施則是方案B和C需查核用水戶以確保用水公平性、對於自來水事業來說，方案A不需調整水價表，直接採用本島平均水價收取即可；方案C特性與方案B相似，因納入調高本島平均水價之考量，故每月用水超過100度之用水戶衝擊較方案B低，且可增加台水公司和北水處委託經營誘因，若搭配大用水戶相關之節水獎勵措施，為較適之方案。
另一方面，彙整前述之文獻和本計畫之成果，當前自來水事業問題在於水價無法反映成本，應先朝合理水價方向調整，故自來水事業組織宜維持現況經營，金門和連江水廠宜導入台水公司和北水處制度及持續技術交流，改善經營效率；台水公司和北水處則應就清水購買價格進行協商，以避免影響新店溪與大漢溪水源共同調度之成效，且在維持現況公營的經營模式下，中、下游之淨水、送水與配水業務，部分可委由民間經營，但上游的水資源規劃、建設、開發與管理調配，則應由中央政府成立專責機構來負責。
最後，針對「自來水事業組織調整與整合」相關議題，辦理「水價公式檢討座談會」和「離島地區自來水事業營運策略座談會」，其中「水價公式檢討座談會」以「全國統一水價」為主要討論議題，與會專家學者部分贊成全國應統一水價，部分則認為因各地供水環境不同，應參酌國外如日本，採用區域水價，另一方面「離島地區自來水事業營運策略座談會」則針對「離島自來水事業營運方案」及「離島補助修正方案」為主要討論議題，與會專家學者部份認為離島自來水事業應維持現況，探討如何降低虧損，而在離島補助修正方案議題，部份認為調漲本島水價，設定用水補助上限，配合節水獎勵可行，部份則認為應就合理虧損進行探討。
總結以上所述，離島自來水事業經營受限於供水環境，應就制度和技術精進經營效率和產水技術，此外，離島補助政策應朝增加離島地區水價之級距和擴大累進費率價差為方向，使大用水戶負擔更多，增加節水效益，並配合離島自來水事業合理虧損之探討，以此減輕中央補助之負擔。